Fu la prima chiesa di valle costruita in localit Ai Prati della Rovina. Qui si recavano tutti i valligiani per le funzioni religiose, tenute da un sacerdote delegato dall'Arciprete di Sondrio. Per la chiesa, la comunit malenca pagava, nel 1192, 12 dinari imperiali alla Chiesa Romana in segno di sottomissione. Infatti la chiesa di San Giacomo, eretta nel XII secolo, era stata messa, al tempo delle lotte per le investiture, sotto la protezione del Papa.

Ma gi agli inizi del 1400, vista la fervente religiosit popolare, furono costruite altre chiesette: a Mossini dedicata a S. Bartolomeo, a Torre S. Maria dedicata alla Madonna, eretta nella stessa posizione di quella attuale, a Spriana dedicata a S. Gottardo, poi modificata ed ampliata ma di cui sono ancor oggi visibili le vestigia, a Caspoggio, di cui ancora visibile la vecchia struttura incorporata ad un fienile, a Lanzada con una piccola cappella demolita nel 1659 per far posto alla chiesa attuale.

La chiesa di S. Giacomo era quella principale e l si radunavano i consiglieri delle Quadre della valle per trattare gli affari in temporalibus et spiritualibus. Qui si dava sepoltura ai morti e si somministravano i sacramenti ad eccezione dei battesimi che venivano ufficiati nella chiesa plebana di Sondrio.

La chiesa and in rovina nel 1579, in seguito a una frana che invest anche le contrada di Negroni e di Cassoni. La chiesa venne subito ricostruita, come afferma il prete Tuana, ma provvisoriamente, e rimase attiva per soli 50 anni, dopodich fu ricostruita nella forma che ancora oggi possiamo vedere. La chiesa attualmente adibita a sede del museo della Valmalenco. Da un documento parrocchiale del 1583 si desume che furono fatte delle spese per comperare il battistero, che fu certamente il primo della valle e che pertanto permise di staccarsi dalla chiesa plebana di Sondrio per quanto concerne la somministrazione del battesimo. Furono in quei tempi fatte delle spese anche per sistemare l'uscio del cimitero, dal 1608 la chiesa venne dedicata anche a San Filippo.

La valle andava certamente arricchendosi di chiesette e cappelle dislocate in ogni angolo che dovettero per rimanere chiuse per parecchio tempo visto che un solo parroco era stato inviato dall'arciprete di Sondrio con l'incarico di officiare nella Chiesa dei SS. Giacomo e Filippo. Cos per anni i Malenchi dovettero sottostare alle decisioni prese dall'autorit ecclesiastica di Sondrio che sollevava malcontenti generali. Si giunse, dopo molti contrasti, ad un accordo per poter eleggere e rinnovare il proprio curato autonomamente, senza l'intervento dell'arciprete. L'accordo si protrasse fino al periodo grigionese, verso il 1573, quando le quadre di Lanzada e di Caspoggio chiesero di tenere un prete fisso, separato da quello della chiesa dei SS. Giacomo e Filippo. La medesima richiesta pervenne anche dalle quadre di Melirolo, Campo e Bondoledo, in comune di Torre S. Maria.

Per circa trent'anni vi furono cos due parroci, uno fisso a Chiesa e un'altro che, a turno, celebrava nelle chiese di Lanzada, di Torre e di Caspoggio.

Con la visita pastorale del Vescovo Ninguarda alla fine del 1589si stabil che nelle parrocchie di Chiesa, Lanzada, Caspoggio e Torre doveva risiedere un curato fisso. Si procedeva cos verso la costituzione di parrocchie autonome tra loro e indipendenti da Sondrio, come avverr nel 1624. Si consolidavano e si moltiplicavano in questo modo i riti religiosi e in modo particolare il culto dei santi, quali protettori di questa gente di montagna continuamente esposta a pericoli naturali. A S. Rocco, protettore degli appestati, fu dedicata la Chiesa di Caspoggio, a S. Giovanni Battista quella di Lanzada, al Santissimo nome di Maria quella di Torre.

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